Úroky z dluhopisů emitovaných v České republice jsou zdaněny podle Zákona č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů ve znění jeho pozdějších novel. U fyzických osob je daň z úrokového výnosu vybírána formou srážkové daně. U dluhopisů emitovaných v roce 2000 a později platí, že sazba srážkové daně je 15% a tato daň je odvedena emitentem. Zdanění zisků z nákupu a prodeje dluhopisů se pro fyzické osoby řídí stejnými pravidly jako při obchodování s akciemi. To znamená, že po uplynutí šestiměsíčního období od nabytí dluhopisu jsou tyto zisky osvobozeny od daně, za kratší období se zdaňují jako součást příjmu. Fyzické osoby nebudou platit daň z kuponového výnosu, pokud dluhopis prodají před datem výplaty kuponu nebo před tzv. rozhodným datem pro výplatu kuponu.
U právnických osob se započte sražená daň. Pokud poplatníkovi vznikla daňová povinnost menší, než zaplacená srážková daň, vznikne poplatníkovi daňový přeplatek. Kuponové výnosy z hypotečních zástavních listů emitovaných v ČR jsou osvobozeny od daně.