Daň z příjmu je upravena zákonem č. 586/1992 Sb., o daních z příjmů („ZDP“). Výnosy plynoucí z vlastnictví nebo prodeje cenných papírů se obecně dělí na dvě základní kategorie - příjmy z titulu držby cenného papíru (dividenda, úrok) a příjmy z prodeje cenných papírů spočívající v rozdílu mezi prodejní a pořizovací cenou, přičemž každý z nich je zdaňován odlišným způsobem.
Fyzická osoba – nepodnikatel
Příjmy plynoucí z vlastnictví, resp. držby cenných papírů spadají pod dílčí základ daně podle § 8 ZDP (Příjmy z kapitálového majetku). Pokud plynou od českých daňových rezidentů, jedná se o tzv. samostatný základ daně zdaňovaný srážkovou daní dle § 36 ZDP, tj. poplatníkovi je vyplacena čistá hodnota po odečtení srážkové daně. Tyto příjmy se již neuvádějí v daňovém přiznání. Srážková daň z dividend stejně jako z úroků v současné době činí 15 %. Dividendy přijaté ze zahraničí podléhají většinou rovněž srážce u zdroje, ale jejich příjemce je musí zdanit ve svém daňovém přiznání podávaném v ČR. Má-li ČR uzavřenu se zemí emitenta cenného papíru mezinárodní smlouvu o zamezení dvojího zdanění, může si poplatník daň sraženou v zahraničí započítat proti své daňové povinnosti v ČR.
Zdanění příjmů fyzické osoby - nepodnikatele z prodeje cenných papírů se řídí ustanovením § 10 ZDP (Ostatní příjmy), podle něhož poplatník zdaňuje rozdíl mezi příjmy z prodeje cenných papírů a přímo souvisejícími výdaji. Za přímo související výdaje se považuje zejména kupní cena příslušných cenných papírů a poplatky hrazené zprostředkovateli nákupní a prodejní transakce. Z toho plyne, že fyzická osoba - nepodnikatel odvádí daň pouze z celkového realizovaného zisku z prodeje cenných papírů, neboť ztrátu z jedné transakce může uplatnit ke snížení zisku z jiné transakce. Musí však vždy jít o transakce, které nejsou osvobozeny od zdanění. V případě, že doba mezi nabytím a prodejem cenných papírů je delší než šest kalendářních měsíců a přímý podíl poplatníka na základním kapitálu nebo hlasovacích právech nepřevyšoval v době dvaceti čtyř měsíců před prodejem 5 %, je příjem z prodeje od daně osvobozen - hovoříme o splnění tzv. časového testu. Dani z příjmu podléhají veškeré příjmy z prodeje cenných papírů realizované daňovým rezidentem ČR kdekoliv po světě, přičemž přepočet z cizí měny do Kč se může provést tzv. jednotným kurzem, který na požádání sdělí kterýkoli finanční úřad; rovněž jej lze zjistit např. na webových stránkách Ministerstva financí. Základ daně vypočtený dle § 10 ZDP je dílčím základem daně započítávaným do celkového základu daně společně např. s příjmem ze závislé činnosti.
Fyzická osoba - podnikatel
V případě, že cenné papíry jsou zařazeny v obchodním majetku fyzické osoby - podnikatele, zdanění příjmů z jejich prodeje se řídí ustanoveními § 7 ZDP (Příjmy z podnikání a z jiné samostatné výdělečné činnosti). Příjmy plynoucí z držby jsou i u podnikatelů zdaňovány podle § 8 ZDP (viz výše). Fyzická osoba - podnikatel nemůže využít 6-ti měsíčního časového testu pro osvobození příjmů z prodeje cenných papírů od daně z příjmu; výsledný příjem/výnos (podle toho, zda vede účetnictví nebo daňovou evidenci ) je vždy předmětem daně.
Fyzická osoba - podnikatel vedoucí účetnictví přitom odvádí daň jak z realizovaných, tak nerealizovaných zisků. Nerealizovaný zisk má podobu kurzového zisku, který plyne z přecenění majetku na konci účetního období. Kurzová ztráta daňový základ samozřejmě snižuje.
Podnikatel si ke snížení daňového základu může na rozdíl od nepodnikatelů uplatnit i další výdaje/náklady, které prokazatelně vynaložil k dosažení, zajištění či udržení svých příjmů z podnikání. Může si tedy daňový základ snížit např. i o poplatky za internetové připojení, pořízení počítače či úroky z úvěru poskytnutého na nákup cenných papírů, pokud bude správci daně schopen prokázat, že sloužily k dosažení, zajištění či udržení jeho zdanitelných příjmů z podnikání.