Nájemce musí ke skončení nájmu pronajaté prostory vyklidit a předat pronajímateli. Až na běžné opotřebení by v zásadě měly odpovídat stavu, v jakém je nájemce převzal. V případě komerčního nájmu si ale většina nájemců pronajímané prostory upravuje podle svých představ. Pokud jde o větší úpravy a nájemce je provedl se souhlasem pronajímatele na svůj náklad, má k okamžiku skončení nájmu právo na vyrovnání odpovídajícího zhodnocení prostor. Naopak, pokud byly úpravy provedeny bez předchozího souhlasu, může pronajímatel požadovat jejich odstranění. Pronajímateli se přitom vyplácí pečlivě zvážit, jaké úpravy povolí a jaké bude chtít v prostorách ponechat; špatná volba v mnoha případech vede ke zvýšené daňové zátěži.
Pokud nájemce se souhlasem pronajímatele odepisoval své úpravy jako technické zhodnocení prostor, s ukončením nájmu jeho právo na odpisy zaniká, přičemž platí, že na nového nájemce ho nelze převést ani dohodou. Zůstatková cena technického zhodnocení, resp. cena určená znaleckým posudkem představuje nepeněžní příjem pronajímatele. O toto nepeněžní plnění zvýší následně pronajímatel vstupní cenu zhodnoceného majetku, ze které dále odepisuje. Z tohoto důvodu by měl pronajímatel pečlivě ověřit, v jaké výši bylo technické zhodnocení nájemcem provedeno, aby nebyl v případě následné kontroly finančního úřadu nemile překvapen.
Nevyklidí-li nájemce prostory včas, může pronajímatel požadovat úhradu za neoprávněné užívání prostor a případně i náhradu škody, která mu tím vznikla. Za určitých podmínek může pronajímatel zadržet i movité věci, které nájemce v prostorách ponechal, a to bez ohledu na to, jestli nájemci patří nebo nepatří. V takovém případě je vhodné nechat zadržené věci sepsat notářem. Výtěžek z prodeje zadržených věcí pak může sloužit k úhradě dluhů nájemce.
Peníze až na prvním místě
Pokud si strany neurčí ve smlouvě jinak, nájemné je splatné měsíčně pozadu. To se týká i případných záloh na služby a dodávky, jako například elektřina, voda, plyn, nebo odvoz odpadů. Pokud smlouva neobsahuje specifické řešení, může si pronajímatel na nedoplatky, případně nájemce na přeplatky na zálohách, na své peníze docela dlouho počkat. Nutné je také brát v potaz, že pokud nájem skončil v průběhu měsíce, standardně nájemce hradí poměrnou část nájemného a poplatků odpovídající době, kdy prostory užíval.
Častým způsobem zajištění dluhů nájemce je poskytnutí jistoty ve formě kauce. Pokud byla ujednána, pronajímatel ji může použít na úhradu dlužných plateb nájemce, popřípadě na náhradu škody a pokrytí dalších dluhů nájemce – přípustný rozsah v zásadě plyne z nájemní smlouvy. Po skončení nájmu musí pronajímatel kauci, respektive její nepoužitou část, vrátit nájemci, jakmile ten o to požádá. Jelikož ale pronajímatel ještě nemusí znát výši dluhů (i s ohledem na splatnost nájemného a poplatků za služby), lze jen doporučit, aby strany mechanismus vrácení společně ujednaly.
Podnikatel si může za dobu nájmu vytvořit v dané lokalitě stabilní klientelu. Zvyklí zákazníci budou v mnoha případech v těchto prostorách nakupovat nebo využívat služby i poté, co prostory změní nájemce, pokud povaha zboží nebo služeb zůstane stejná. Vypověděl-li nájem pronajímatel, aniž by nájemce porušil své povinnosti, zákon přiznává vypovězenému nájemci kompenzaci za prospěch, který pronajímatel nebo nový nájemce získal vytvořením této klientely. Určení její výše bude ale v praxi pravděpodobně činit obtíže. Obecně se přikláníme k názoru, že by měla vycházet z obvyklé ceny zákaznické základny, stanovené například porovnáním obratu předchozího nájemce a pronajímatele, případně nového nájemce.
Změna sídla
Má-li podnikající nájemce v prostorách zapsáno sídlo, je potřeba ho po skončení nájmu změnit. Jinak se pronajímatel vystavuje riziku, že i nadále bude sídlo nájemce evidováno ve veřejných rejstřících a lze proto předpokládat, že na tuto adresu bude nájemci nadále chodit pošta a budou ho tam hledat zákazníci a obchodní partneři. V krajním případě by se mohlo stát, že exekutor v rámci exekuce nájemce zahrne do soupisu i věci pronajímatele, proti čemuž by se pak pronajímatel musel bránit v rámci daného řízení. Proto je vhodné, aby smlouva, případně dohoda o skončení nájmu, obsahovala i výslovnou povinnost nájemce ve stanovené lhůtě změnit sídlo společnosti tak, aby již nebylo v prostorách pronajímatele.