Zákon o správě daní a poplatků, stejně jako daňový řád, upravují postih správce daně v případě, že zavinil vznik přeplatku, jinými slovy neoprávněně zadržoval finanční prostředky, daňového subjektu a porušil tak své povinnosti při správě daní. V obou z uvedených případů má daňový subjekt nárok na úrok, a to za splnění dvou podmínek. První je, že rozhodnutí o stanovení daně (např. platební výměr) bylo zrušeno, nebo změněno, nebo prohlášeno za nicotné z důvodu, že bylo nezákonné, nebo bylo vydáno na základě nesprávného úředního postupu. Druhou podmínkou je, že daňový subjekt na základě později zrušeného rozhodnutí daň uhradil.
Pokud daňovému subjektu vznikl z uvedených důvodů přeplatek, má jej správce daně povinnost vrátit ve lhůtě, která počíná běžet dnem účinností zrušujícího rozhodnutí. Z přechodných ustanovení daňového řádu je zřejmé, že pokud lhůta pro vrácení vratitelného přeplatku začala běžet do 31. prosince 2010, postupuje se při vrácení podle zákona o správě daní a poplatků. V ostatních případech se postupuje podle daňového řádu. To mimo jiné potvrdil ve svém rozhodnutí 7 Afs 94/2014 i Nejvyšší správní soud.
V uvedeném rozhodnutí se však NSS zabýval především tím, zda daňovému subjektu náleží úrok i v případech, kdy přeplatek vznikl bez aktivního přičinění správce daně. V posuzované situaci totiž daňový subjekt nejprve podal řádná daňová přiznání na daň z příjmů za zdaňovací období let 2008 a 2009 a v termínu splatnosti uhradil příslušnou daň. Následně však daňový subjekt podal odvolání proti vlastnímu přiznání, a to z toho důvodu, že v řádných daňových přiznáních nezohlednil veškeré dostupné náklady. Správce daně odvolání daňového subjektu v rámci odvolacího řízení vyhověl a vyměřil daň v souladu s odvoláním a přeplatek vrátil v říjnu 2011. Daňový subjekt po správci požadoval úrok z přeplatku s odůvodněním, že správce daně změnil původní (konkludentní) rozhodnutí o stanovení daně a naplnil tak podmínky pro „zavinění“ přeplatku podle příslušného ustanovení daňového řádu (zákona o správě daní).
NSS však argumentaci daňové subjektu odmítl. Připustil sice, že pouhým jazykovým výkladem předmětného ustanovení by se mohlo jevit, že ke vzniku nároku na úrok došlo vzhledem ke změně původního rozhodnutí o stanovení daně, nicméně připomněl i podmínku, že ona platební povinnost daňového subjektu byla způsobena rozhodnutím správce daně nebo v jeho souvislosti, které je nezákonné nebo při jehož vydání zvolil správce daně nesprávný úřední postup. To podle NSS však nebyl případ správce daně v dotčeném řízení, neboť rozhodnutí správce daně, kterým vyhověl odvolání nelze považovat za změnu či zrušení původního (konkludentního) rozhodnutí z důvodu jejich nezákonnosti či z důvodu nesprávného úředního postupu správce daně. Konkludentní vyměření daně totiž nemůže z povahy způsobit jakoukoli nezákonnost, neboť správce daně v tomto případě nevykonává žádnou aktivitu a k vyměření došlo bez jeho přičinění - fikcí. Výsledek konkludentního vyměření tedy není odvislý od skutkových a právních úvah správce daně.
Článek vznikl s přispěním counsela KŠB Jana Černohouze.