Ještě v nedávné době bylo podle finanční správy a soudní judikatury možné uplatnit daňovou ztrátu pouze prostřednictvím řádného nebo dodatečného daňového přiznání. Těmto závěrům několikrát přisvědčily také soudy různých instancí, a to včetně Nejvyššího správního soudu. Takovýto postup v podstatě znamenal diskriminaci některých poplatníků. V praxi byli zvýhodněni ti poplatníci, kteří si byli při zahájení kontroly vědomi svého pochybení a ještě před jejím formálním zahájením podali dodatečné daňové přiznání, ve kterém uplatnili odečet daňové ztráty, oproti poplatníkům, kteří nevědomky pochybili, resp. jejich výklad zákona se lišil od výkladu správce daně a při zahájení kontroly neměli důvod k podání dodatečného daňového přiznání. Správci daně totiž odmítali v rámci daňové kontroly zohlednit případnou daňovou ztrátu vykázanou kontrolovaným poplatníkem v předchozích zdaňovacích obdobích, a to i přes to, že podle procesních předpisů je správce daně při stanovení daně povinen přihlédnout ke všem okolnostem, které vyšly v průběhu daňového řízení najevo.
Takovou okolností by tedy měla být i existence využitelné daňové ztráty, řeknete si. Ne však správce daně, neboť ten tvrdil, že uplatnění daňové ztráty je právo a nikoliv povinnost poplatníka. Pokud vám připadá tento postup v rozporu nejen se základními principy správy daní, ale také se zdravým rozumem, nezůstáváte s tímto názorem osamoceni. Na vaši stranu se přiklání ve svém únorovém rozhodnutí také Nejvyšší správní soud. Tento posun v judikatuře Nejvyššího správní soudu souvisí především v nahrazení zákona o správě daní a poplatků daňovým řádem. Daňový řád totiž na rozdíl od zákona o správě daní a poplatků upřednostňuje při stanovení daně hledisko materiální správnosti, před hlediskem fiskálním. To jinými slovy znamená, že správce daně by měl dbát na to, aby daň byla stanovena po právu, tj. v první řadě ve správné výši.
Nejvyšší správní soud ve svém rozhodnutí uvádí, že nově vymezený cíl správy daní opravňuje daňový subjekt uplatnit ztrátu v rámci probíhajícího nalézacího řízení, tj. například v průběhu daňové kontroly, postupu k odstranění pochybností i v řízení o řádném opravném prostředku proti rozhodnutí vydanému v kterémkoliv z uvedených řízení. Neváhejte proto v kterékoli fázi uvedených daňových řízení před správcem daně řádně projevit svou vůli k uplatnění daňové ztráty z předchozích let. Může vám to ušetřit nemalé finanční prostředky.