Poslanecká sněmovna Parlamentu schválila 7. září 2011 zákon o zdravotních službách, který přináší novou právní úpravu podnikání v oblasti zdravotnictví. Nabude-li zákon v této podobě účinnosti, zaniknou nestátním zdravotnickým zařízení stávající registrace vydané dle dosavadního zákona.
Podle přechodných ustanovení nového zákona budou nestátní zdravotnická zařízení povinna požádat u krajského úřadu ve lhůtě do devíti měsíců o podnikatelské oprávnění dle nového zákona o zdravotních službách (zvláštní úprava se týká zdravotnických záchranných služeb).
Přechodná ustanovení nového zákona týkající se pokračování v činnosti na základě dosavadních registrací nestátních zdravotnických zařízení prošla během přípravy zákona několikerými změnami. Povinnost „přeregistrace“ všech zařízení vyplynula až z pozměňovacího návrhu schváleného zdravotnickým výborem Poslanecké sněmovny.
Nevyřízené žádosti o registraci nových nestátních zdravotnických zařízení, o nichž nebude rozhodnuto do účinnosti nového zákona, by měly být dokončeny dle dosavadních předpisů s výjimkou žádostí o registrace zdravotnických záchranných služeb, kde se účinností nového zákona řízení zastaví. Účinnost nového zákona je navrhována prvým dnem čtvrtého kalendářního měsíce po vyhlášení.